Der Südostlink durchschneidet im Landkreis Regensburg Gebiete mit der höchsten Bodendenkmaldichte in Bayern (Beispiel Mintraching). Es handelt sich hier um vorhersehbare und nicht mehr reversible, massive Eingriffe in den Bodendenkmalschutz und damit in Kulturgüter des Landkreises. Das Bayerische Landesamt für Denkmalpflege schätzt die alleine im Landkreis betroffene Gesamtfläche der Bodendenkmäler und Verdachtsflächen auf circa 132 Hektar ein. Es sind insgesamt 18 Bodendenkmäler und zwölf Vermutungen betroffen. Hierfür gibt es einen Bedarf an weit über hundert Archäologen, die mit Ausgrabungen mehrere Jahre beschäftigt sein werden. Die Sicherstellung notwendiger archäologischer Arbeiten ist bis heute nicht geklärt.
Die geplante Trasse stellt einen massiven Eingriff in den Gehölz- und Waldbestand dar. Im Landkreis Regensburg müssten dafür nach Schätzung des Landkreises etwa zwölf Hektar Fläche in Anspruch genommen werden. Alleine im Bereich „Falkensteiner Vorwald mit Donaurandspalte und Regental“ ergibt sich neben der Kreisstraße somit eine dauerhaft waldfreie Fläche von etwa 6,6 Hektar und läuft damit der Landschaftsschutzverordnung zuwider. Sämtliche Vorschlagstrassen sind mit erheblichen und nachhaltigen Eingriffen in Natur und Landschaft verbunden, teilweise mit nicht ausgleichbaren Beeinträchtigungen des Landschaftsbildes und des Naturgenusses. Auch der Bereich Wasser- und Bodenschutz sowie Immissionsschutz ist dadurch tangiert.
Vom Vorschlagskorridor betroffen sind beispielsweise die Wasserschutzgebiete Brennberg, Frauenzell, Ammerlohe (Wiesent), Zinzendorf (Wörth), Giffa (jeweils Zonen I bis III), der Wassergewinnungsbereich im „Wasserschutzgebiet Köfering“, das Wasserschutzgebiet Sünching in Zone III und das Wasserschutzgebiet Mannsdorf (Schierling). „Eingriffe in Wasserschutzgebiete sind immer eine Gefahr für die Trinkwasserqualität. Wir fordern hier höchste Sicherheit für unser Trinkwasser“, so Landrätin Tanja Schweiger.
Bereits Ende Mai hat sich Landrätin Tanja Schweiger an die Bayerische Staatsregierung gewandt und um Unterstützung gebeten, damit die Antragskonferenz als Präsenztermin abgehalten wird. Es gäbe genügend große Hallen dafür. Aufgrund der aktuellen Entwicklung – die Bundesnetzagentur will die Antragskonferenz nun aufgrund des Planungssicherstellungsgesetze
Jede andere Vorgehensweise sei ihren Worten zufolge ein Angriff auf ein bürgerfreundliches, demokratisches und transparentes Verfahren und nicht hinnehmbar. In diesem Falle plädiere sie sogar für den sofortigen Stopp des Verfahrens.