Der 70-Jährige begründete seinen Rücktritt nach Angaben seines Bistums mit einer «längeren inneren Auseinandersetzung»: «Meine Entscheidung hat eine längere Vorgeschichte, die von einem geistlichen Ringen begleitet war», sagte er. Nach mehr als 30 Jahren in Leitungsverantwortung sei nun der Moment gekommen, «loszulassen» und in die Seelsorge zurückzukehren, wo er nun als einfacher Pater Gregor tätig sein wolle.
In einem Brief an die Beschäftigten des Bistums sprach Hanke auch über Herausforderungen und Krisen seiner Amtszeit – darunter Missbrauchsfälle, Konflikte in der Universitätsleitung sowie den Finanzskandal. «Ich will nicht verhehlen, dass ich nach den vielen Herausforderungen, Skandalen und ungelösten Konflikten eine innere Ermüdung spüre», sagte er. Besonders erschütternd seien für ihn die Gespräche mit Betroffenen sexuellen Missbrauchs gewesen: «Manches in mir hat sich dadurch verändert.»
Papst Benedikt XVI. hatte Hanke zum 82. Bischof von Eichstätt ernannt, am 2. Dezember 2006 war er zum Bischof geweiht worden.